Meg 2: Çukur, tarih öncesi köpek balığı Meg’lere karşı mücadele eden bir araştırma ekibinin hikayesini konu ediyor. Bir araştırma ekibinin görevleri, kötü niyetli bir maden operasyonu nedeniyle sekteye uğrar. Kendilerini zorlu bir durumla karşı karşıya bulan ekibin yolculukları bir kaosa dönüşür. Hayatta kalmak için tehlikeli bir savaşa dahil olmak zorunda olan ekip, zamana karşı yarışırken acımasız yırtıcıları zekalarıyla alt etmeye çalışır.